Reikin har uråldriga rötter. Det är många som anser att den har sitt ursprung i det antika Tibet. Den återupptäcktes av en japan vid namn Mikao Usui på 1800-talet. Det finns olika historier om vad han var för en man. En del säger att han var lärare vid Kyoto universitetet och att han av studenterna där fick en utmaning. De ville att han skulle demonstrera ett fenomen från berättelserna om Jesus. Det som intresserade dem var Jesus helande kraft. Det kunde nu inte Usui, men han bestämde sig för att försöka ta reda på Jesus metoder för att bota människor. Han studerade de kinesiska och kristna skrifterna, men hittade ingenting. Då gick han tillbaka till den gamla buddistiska undervisningen och där, nedskriven på sanskrit, kunde han hitta vissa formler och symboler.

Sedan finns det de som menar att han var en japansk buddistmunk, medan andra anser att han inte var vare sig buddist eller munk utan snarare ett slags mystiker. De flesta är i allafall överens om att han efter många års studier om healing fick Reiki till sig efter 21 dagars meditation på berget Kori-Yama. Under meditationen fick han en uppenbarelse om vissa symboler och fick instruktioner om hur de skulle användas. På så sätt uppstod "Usuis Reiki system".

Man anser också att han tillbringade en lång tid med att ge healing till tiggare i Kyotos slumkvarter. Det visade sig att han inte kunde förändra något för dessa och han blev mycket besviken. När tiggarna blivit friska försökte de flesta inte ens förbättra sin situation, utan fortsatte att tigga. Han insåg att de inte lärt sig tacksamhet och det fanns därför inget han kunde göra för dem. Usui dog den 9 mars 1926. Då hade han initierat 16 - 18 Reiki Mästare. Han lämnade efter sig följande fem Reiki principer som alla som håller på med Reiki bör tänka på varje dag.

Nästa stora gestalt inom Reiki var Chujiro Hayashi som var en av Usuis elever. Han blev Reiki Mästare 1925 och startade en Reiki klinik i Tokyo. Det var han som systematiserade Reikin så att den delades upp i Reiki ett, två och tre. Han utvecklade också systemet med handpositioner som man lär sig i Reiki ett. Han dog 1941 och hade då initierat 13 - 16 Reiki Mästare.

Därefter kom Reiki Mästaren Hawayo Takata som varit elev hos Hayashi. Hon tog Reikin till västvärlden. Det var även hon som myntade uttrycket "Reiki". Takata dog 1980 och då hade hon initierat 22 Reiki Mästare. Efter hennes död hände det inte så mycket under några år, men efterhand har intresset för Reiki ökat och är idag spritt över hela världen. Reikin har också blivit uppsplittrad i olika grenar.